Alt manglet, både skolebygning, reglement og undervisningsplaner. I 1962/63 utarbeidet han reglement for lærere ved institusjonsskoler, behovsanalyser som grunnlag for skoletilbud og undervisningsplaner. Dette var grunnlaget for de første offisielle undervisningsplaner for elever i institusjonsskoler. Senere satte Morset igang forsøk med videregående opplæring, noe som lå til grunn for lovbestemmelse om rett til videregående opplæring for funksjonshemmede.

Tidlig i 1970-årene startet han forsøk med ettervern for utviklingshemmede. Beboere ved Emma Hjoths Hjem fikk bo i egne treningsleiligheter utenfor institusjonen og fikk arbeid. Han tok også initiativ til å opprette en vernet bedrift for utviklingshemmede. Han var drivkraften bak opprettelsen av Peder Morset Folkehøyskole i Selbu hvor funksjonshemmede og funksjonsfriske bor og får undervisning sammen.

Helge Morset var også en viktig person for utbredelse av atferdsanalyse i Norge ved at han allerede tidlig i 1970-årene ansatte atferdsanalytikere som veiledere ved Emma Hjort Skole. Dette førte til en rekke FOU prosjekter, spesielt i forhold til opplæring av autister og svaktfungerende utviklingshemmede.